由上海软科教育编制的两岸四地大学排名，对象是两岸四地高校中以建设世界一流大学和国际知名的高水平研究型大学为目标，并且面向两岸四地招生的大学。参加2016年排名的高校有140所，其中内地92所、台湾38所、香港8所、澳门2所。与去年相比，北京师范大学、东南大学、兰州大学、湖南大学、北京邮电大学、苏州大学、上海财经大学、西安电子科技大学和中国地质大学（武汉）今年均有超过10个位次的排名提升，展示了内地高校强劲的发展势头。内地还有三所大学新入榜单：江南大学首次入围百强榜，第78名；武汉理工大学、北京林业大学重登百强，分别位列第91名和第93名。台湾逢甲大学重回百强榜，位列第94名。澳门地区上榜的两所高校排名均有明显提升，澳门科技大学和澳门大学分别排在第32名和第45名。

　　两岸四地大学排名采用了人才培养、科学研究、师资质量和学校资源4大类13项指标的体系。上榜高校在具体指标表现上也各具优势，如师资质量方面，“博士学位教师比例”这一指标上，台湾清华大学和台湾中正大学并列第一；“教师获奖”方面，香港中文大学仍是两岸四地唯一有教师在本校获得诺贝尔奖的大学。中国科学技术大学和香港城市大学成为今年“高被引科学家”总量表现最好的高校，香港城市大学同时也摘得“高被引科学家”师均得分榜首。