徐有功出身书香门第，祖父徐文远是国子监博士。徐有功少举明经，后任蒲州司法参军，当时蒲州百姓称其“徐无杖”，因徐有功任官三年，居然升堂时审犯人没有用过一次大刑，他每次用感化教育的方法，令犯罪者惭愧认错，并有不少人从此悔悟自新。

　　徐有功因民间有佳誉，便不断升迁为司刑丞、刑部郎中、侍御史等职，他长期在司法任上为官，既能下察民情，不肯冤枉一个好人；又好议，敢于发表明辨是非的见解。

　　永昌元年，武则天以皇后身份临朝执政，后来她又自称“圣神皇帝”，改国号为周，以武姓取代李姓皇帝，这便引起李氏旧臣与李氏宗室的反对，唐宗室李冲、李贞与徐敬业先后举兵讨伐，武则天一方面派兵镇压，另一方面重用酷吏，以此威慑在朝大臣。为了及时了解官吏动向，她命人在全国各地设立告密箱，凡告密有功者，皆加重用。于是，来俊臣、周兴这样一些市井无赖便被提拔为司法要臣，成了徐有功的顶头上司。

　　由于告密之风日盛，冯敬同告密魏州贵乡县县尉颜余年与当年起兵的唐皇室李冲有关，武则天当即命令来俊臣将颜余年逮捕至京城提审。来俊臣办案好揣摩女皇心思，用严刑拷打，判颜余年为“魁首”（主犯），予以处死。此案转到司刑寺，司刑丞徐有功觉得证据不足，他是一个敢于议政的人，便以武则天颁布的《永昌赦令》为据，认定颜不符“魁首”，至多是个“支党”，结论应该是“流放”。

　　来俊臣对此很恼怒，而另一酷吏魏元忠也上奏武则天，要将颜余年按“魁首”罪处以死刑，徐有功不服，他当即奏道：“陛下已发布《永昌赦令》，魁首（李冲、李贞）已诛，读颜余年之供词，他仅为漏网之支党。如陛下赦而复罪，又如何面对天下人？”武则天见一位六品小官居然敢反驳她的命令，发怒责问，徐有功却神色自若，慷慨陈词，武则天终于平息怒火，她冷静下来才发觉徐有功议之有理，改死罪为流放。

　　徐有功在司刑寺任职三年，纠正了不少冤假错案，救人无数。后升迁至刑部秋官员外郎（五品），担当复核判决重任。酷吏周兴一日交徐有功一份唐宗室李仁褒兄弟谋反案，徐有功阅后说道：“兄弟俩练武比箭，岂能定为叛逆造反？”周兴便诬陷徐有功袒护谋反之罪，将徐有功定为死罪。武则天明知徐有功忠心护法，但对他屡次敢于顶撞自己十分不快，于是她虽没同意周兴主意，却就将徐有功削职为民，这次，徐有功连与武则天争辩的机会也没有。

　　长寿二年，武则天又启用徐有功，任命他为侍御史（六品），他上任后，润州发生一起庞氏案，庞氏原是唐睿宗李旦的岳母，因女儿德妃被武则天处死后，心智失常，在夜间焚香驱鬼，当地官吏薛季昶为迎合武氏，捏造庞氏咒骂武则天，将庞氏判为死刑。徐有功上奏：“滥杀无辜之人，有关大唐法律法度，请陛下三思。”薛季昶乘机挑拨：“徐有功为死囚强辩，目无皇上，应斩首。”徐有功下殿后回家，他有位好友赶来，劝徐有功早想办法逃走，徐有功决不肯一走了之，他坦然回答：“权不能大于法，若我为执法而死，也死而无憾。”

　　徐有功后被押赴刑场，他毫不畏惧，武则天在一些老臣劝谏下，免其死罪，又将其流放。而那个庞氏也改判为流放。

　　徐有功在司法任上办案15年，办大案六七百件。他三次被酷吏构陷为死罪，但他三次被赦后也不阿谀奉承，他始终以事实为依据断案，矢志不渝。徐有功一生公正无私，武则天心中对其暗暗佩服，在他死后追赠徐有功为大理寺卿，唐中宗即位后加赠徐有功一品头衔。