1901年春，南洋公学创始人盛宣怀拟设立“以应经济特科之选，以储国家栋梁之材”的特班。同年8月，南洋公学代总理（校长）张元济通过上海澄衷学堂总理刘树屏的引荐，聘请翰林出身的蔡元培担任特班教习（班主任）。

　　在特班，蔡元培创新教学方法，给学生开列一长串科目，包括政治、法律、外交、财政、教育、经济、哲学、科学、文学、伦理等等，由学生根据自己兴趣爱好选择一二门，他再制定必读书目和阅读顺序，学生可从图书室借阅或自己购买。每篇读完必须写读书笔记，交给他批阅。蔡元培还非常注重与学生的交流谈心，特班42名学生，每人10来天就能与先生面谈一次。为使学生尽快获得西方先进思想和科学知识，蔡元培还引导和鼓励他们重视外语的学习。

　　1928年2月，南京国民政府任命蔡元培为交通部直辖第一交通大学校长。蔡元培进行了学校行政机构改革，并推行分系议案。当时交大只有工科和管理学科，而率先设系的，恰恰是交大原先不具备的理科（数学、物理、化学）和文科（中国文学、外国文学）。这一举措重新调整了交大的学科布局。此外，蔡元培提出机械、电机、交通管理三科并举，使交大建立起科门、学系并存的教学建制。新设各学系将原来分散在各科中的同类基础课程统一规划，完善连贯，提高学术质量，并制定各课程学分，以供各专门科采用；各科属于工科专门性质，依据需要采用各学系中课程及学分数，又使分散的学系组合起来。改科设系与科系并存使交大教学体制规范化，课程设置系统化，推动了基础课程水平的提高，还使学业管理的班级制逐渐转向学分制。

　　不论是带领特班，还是执掌学校，蔡元培的改革举措，既是他自身学术思想的体现，也为交大引入了现代大学管理理念。   

　　秦慰祖