不同于《达·芬奇密码》等作品的现代背景，《秘密晚餐》的故事发生在文艺复兴时代，达·芬奇本人亦参与了故事中的推理破案过程。小说讲述了达·芬奇在米兰圣玛利亚感恩修道院绘制传世名作《最后的晚餐》时发生的一系列案件，由于接到匿名举报声称达·芬奇在画中隐藏了一个足以颠覆传统教会的秘密，宗教法庭派出密码学专家阿古斯提诺·雷尔前往米兰进行调查，在此期间，诡异的杀人案件不断发生，达·芬奇身边的朋友接二连三地被害，而这一切似乎又牵扯到一本传说中的书，以及一个隐蔽的地下教派，甚至连达·芬奇本人似乎也与那个教派有着密切的联系……而解开这一切谜题的关键，都藏在那幅《最后的晚餐》中。

　　作者在小说中提出了“记忆术”的概念。小说作者哈维尔·西耶拉曾说过，“当你读完这部小说，你再也不会用原来的眼光去看待这幅《最后的晚餐》。”