1942年，交通大学在重庆成立航空工程系，曹鹤荪任系主任。一年级招收新生30名，不少机械、电机系的同学闻讯要求转入航空工程系。为满足需求，学校同意增设二年级一个班，一、二年级同时上马。曹鹤荪带领老师们年年准备教新课、自编和更新教材，与同学们一起“升级”。

　　曹鹤荪讲授两门主课：一门是“理论空气动力学”，另一门则为“应用力学”、“流体力学”、“振动力学”、“工程数学”或“机构学”。他很注重基本物理概念，力求反映事物的内在矛盾，强调数学的解析描述与推导，强调理论来自实践又服务于实践。他的课堂表述清晰流畅，讲课内容详略得当。许多同学反映，他教给大家的不是空洞的理论，而是能解决实际问题的钥匙和基础。

　　曹鹤荪把自己一生求学治学方法概括为勤、思、问、用。在他的主持下，交大航空系的课程表、课程设置、教材内容和教学要求呈现加强基础、更新内容、一专多能、严格要求等特点。在1952年全国高等院校院系调整前，交大航空系的十年努力，为国家培养了一批急需的航空人才，其中有40余人取得很大成就。江朵