按环保部统计，2012年，江苏、浙江、安徽、上海污水排放量分列全国第2、4、11、14位，废水排放总量近140亿立方米，占全国的20%，较2003年增加了37%；化学需氧量排放总量约305万吨，占全国的13%；氨氮排放总量43万吨，占全国的17%。区域单位产值用水量、排水量和排放强度与国际先进还有很大差距。特别是淮河流域和皖江经济带还处在快速工业化阶段，具有明显的赶超型特点，经济发展与环境保护的矛盾突出。

　　长三角区域大量工业沿江、沿河、沿湖布置，仅从南京到上海的长江沿岸就有8个大型临港化工区，水环境事故风险较高。例如，2014年5月发生的靖江水污染事件，不仅对江苏沿江水源地造成重大影响，对上海长江口水源地也带来较大风险。

　　调查报告认为，长三角区域水污染防治还要从源头、从治理上狠下功夫，经济发展方式转变和产业结构调整还任重道远；推动区域水污染防治协作，关键在于破解流域水污染防治相关体制机制瓶颈，重点在于立法先行，加强组织保障、规划先导、标准统一、政策创新、措施协同和信息公开，建立完善流域水资源和水污染的综合协调监管体系。长三角水环境保护还需要推动信息公开，强化政府间协同和社会共同参与，以便各级政府能及时把握流域经济社会发展和水环境变化趋势，做好科学决策。