首先，三国军事合作的组织结构尚未机制化。

　　目前，美日韩的军事合作还未形成完整的协调机制，也没有建立核心机构。为改变美国在三边军事合作中大包大揽的倾向，美国正考虑调整驻日韩美军的性质，提高韩日在军事同盟中的地位，力图形成“目标相同、有所分工、合作为主、有所竞争”的格局。

　　其次，日韩两国存在的现实争端尚未解决。

　　是“独岛”？还是“竹岛”？日韩关于这个岛屿争端从未停止。2012年4月6日，日本政府发布了2012年版的外交蓝皮书，这份蓝皮书再次宣称“独岛”是日本的领土。韩国立即作出反应，对此表示遗憾。如果韩日两国的领土争端不能解决，两国很难结成类似北约的军事同盟。

　　再有，日韩关系仍然受到历史阴影的影响。

　　朝鲜半岛在二战中曾经受到日本侵略，日本曾给韩国人民带来深重灾难，即使时隔数十年，两国民众的对立情绪依然没有消除。韩国政府也力求避免民众认为政府在日本面前“软弱”，韩日两国的合作很难得到国内民众的认可。

　　最后，三国军事合作各有目的。在国际关系中没有真正的“朋友”，美日韩在军事合作的外壳下既有合作又有矛盾：美国是想利用这个军事同盟长期控制东亚；日本是想借助美韩的力量成为军事大国；韩国是想利用美日的技术建立自主“威慑力量”。这才是美日韩三国愿意加强军事合作的真正目的所在。