由于危及生命的风险较大，连体双胞胎分体手术引发的医学伦理争论不小。如果一对双胞胎在连体状态下能够存活，一般不推荐实施分体手术。

　　连体双胞胎分体手术通常在婴儿出生后不久实施，鲜有成年连体双胞胎选择接受手术。据美国西北大学医学教授爱丽丝·的雷格所著书籍介绍，伊朗连颅双胞胎拉丹·比詹尼和拉莱·比詹尼2003年决定接受分体手术。尽管医生预估这次手术风险为50%，且运用先进技术获得大量两人脑部扫描图像，但手术出现意外，两人没能存活，终年29岁。

　　詹姆斯·古德里奇医生在2003年为一对连颅双胞胎兄弟实施分体手术。这对双胞胎兄弟名叫克拉伦斯·阿吉雷和卡尔·阿吉雷，手术时只有18个月大。尽管兄弟俩分体成功，但其中一人身体状况恶化，至今仍须药物维持健康。

　　按他的说法，阿吉雷兄弟的血管分布使其中一人心脏承受过大的供血压力，如果不分体难以存活。克丽丝塔和塔蒂亚娜血管系统结构相对对称，不至导致心脏衰竭等致命疾病。